2. - Tom Lüthi (Dynavolt Intact GP, Kalex): Der Routinier kam von P7 aus gut weg und kam auf den 5. Rang nach vorne. In den folgenden Runden lieferte er sich hitzige Duelle mit Navarro und vor allem Marquez. Die beiden Spanier konnte Lüthi aber schließlich abschütteln. Von da an setzte Lüthi zu einem Durchmarsch an und schnappte sich innerhalb weniger Runden Fernandez, Chantra sowie Baldassarri und war damit nach neun Runden bereits Zweiter. Er machte sofort Jagd auf den Führenden Marini, im elften Umlauf lag Lüthi dann auch erstmals an der Spitze. Das Duo konnte sich vom Rest des Feldes absetzen und Lüthi behauptete die Führung bis zur vorletzten Runde. Dann ging aber Marini in Kurve neun vorbei und Lüthi konnte nicht mehr kontern - P2.
9. - Marcel Schrötter (Dynavolt Intact GP, Kalex): Die Startphase in Motegi lief für Marcel Schrötter nach Plan. Von P9 aus ging es in es bis auf Rang sechs nach vorne, in einem kleinen Getümmel in Runde neun verlor er aber wieder zwei Positionen. Schrötter kämpfte sich wieder zurück und war Fünfter, machte dann aber einen Fehler und musste mit Marquez und Navarro wieder zwei Fahrer vorbeilassen. In der Schlussphase überholten auch noch Bastianini und Fernandez Schrötter, der somit Neunter wurde.
14. - Dominique Aegerter (Forward Racing, MV Agusta): Tolle Aufholjagd des MV-Agusta-Piloten in Motegi. Nur von Startplatz 28 ins Rennen gegangen machte Aegerter konstant Positionen gut und kam schließlich als 14. ins Ziel. Zwei Punkte also für den Schweizer.
19. - Jesko Raffin (NTS Racing, NTS): Enttäuschendes Rennen für Jesko Raffin in Motegi. Trotz neun Ausfällen ging es für den NTS-Piloten von Startplatz 22 nur drei Ränge nach vorne auf P19.
20. - Philipp Öttl (Tech3, KTM): Auch in Motegi gibt es keine WM-Punkte für Philipp Öttl. Der Bayer kann sich im Rennen zwar von P29 vorarbeiten, auf dem 21. Rang ist für ihn aber Endstation. Knapp 44 Sekunden fehlen ihm auf die Siegerzeit von Marini.
DNF - Lukas Tulovic (Kiefer Racing, KTM): Für den Rookie war das Moto2-Rennen in Motegi schon nach wenigen Metern gelaufen. In Kurve eins kollidierte er mit Tetsuta Nagashima und ging zu Boden. Tulovic konnte den Japan-GP zwar zunächst noch fortsetzen, stellte seine KTM aber schließlich an der Box ab.
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