Das Qualifikationstraining in Brünn entschied der Spanier Dani Pedrosa für sich. Der Honda Pilot konnte jeweils im letzten Sektor Zeit gutmachen, die die anderen an gleicher Stelle verloren. Mit seiner Zeit von 1:56.591 Minuten setzte er sich um 0,113 Sekunden gegen Jorge Lorenzo durch. Casey Stoner kam derweil mit seiner Honda noch nicht wie sein Teamkollege auf die gleiche Art und Weise zurecht und verlor 0,269 Sekunden auf den Polesetter. Für ihn reichte es dennoch für einen Startplatz in der ersten Reihe.

Startreihe zwei für Rossi

Ben Spies beginnt das Rennen am Sonntag dort, wo er es 2010 beendete: Auf Platz vier. Er ist damit der Erste der Startreihe, in der Valentino Rossi zum ersten Mal in dieser Saison stehen kann. Der Italiener steht neben seinem Landsmann und Freund, Marco Simoncelli, in der Startaufstellung auf Platz sechs. Er verlor nur noch 0,776 Sekunden auf Pedrosa und nur 0,016 Sekunden auf Simoncelli mit der Honda.

Andrea Dovizioso war erneut der letzte des Respol-Honda-Trios. Am Ende fehlten ihm acht Zehntelsekunden auf seinen Teamkollegen an der Spitze. Colin Edwards wurde Achter vor Nicky Hayden und Hiroshi Aoyama.

Cal Crutchlow wurde Elfter. Nach einem Sturz zehn Minuten vor dem Ende der Session, musste er sich das Finale aus der Box ansehen. Zwar sprintete er noch über die Start- und Zielgerade zu seiner Mannschaft, doch er konnte nicht mehr eingreifen. Ebenfalls zu Boden musste Karel Abraham der nur wenige Minuten nach Crutchlow in der gleichen Kurve stürzte. So geht er zu seinem Heimrennen nur vom letzten Platz ins Rennen. Zu den Gefallenen gehörte auch ein weiteres Mal Randy De Puniet, der seine Ducati in den tschechischen Dreck warf.